Ask me anything about ggtree

MEE在18号出版了今年（第8卷）第1期，ggtree正好在这一期出版，一经出版就有几条推在传播：

我也是在推特上看到，才发现，哦原来我的文章出版了。然后我又发现2017年新鲜出炉有了一篇PNAS的引用。

ggtree这篇文章是永久免费的，你可以点击阅读原文读到全文，下面是微信上的一个截屏:

我以前没接触过进化，来了现在这个实验室，发现可视化是个大问题，大家都在用AI，慢慢地抠，对于一些和进化树相关的数据，自己一点一点地在AI里面加上去。甚至于genotype table是一个框一个框地在AI里面加的。一方面画一顆树可能用掉你几天的时间，另一方面，太容易出错了，再者你花的时间并不能转化为生产力，每一次你都要这么搞！这简直就是水深火热啊！

我也帮师兄写过一些代码，给定进化树上节点的序列，我比较父节点和子节点，把碱基或氨基酸替换写到newick树的node label，然后就可以用软件展示序列的替换情况。教会了师兄，他再去给他的师弟师妹们演示，说以后咱们可以这么干了，一个个觉得很牛逼，我内心想的是，愚蠢的人类啊，node label只能存一个信息，牛逼的方式应该是可以展示多个维度的信息，通过图层自由组合。这个时候我就产生了要写ggtree的想法。

我其实也挺惊讶的，进化这个领域，竟然有这么大的坑，等我这个新手来填。在2014年底开始写，在我写了基本几个图层，可以画树做一些注释的时候，我首要解决的就是你来个数据，我可以加到树上去做注释，所以在最初的版本，就有%<+%这个操作符，使用的是p %<+% d + geom这样的语法，你画了颗树p，有个数据d，可以通过%<+%操作符把数据关联起来，然后这个数据就可以在后续的图层geom里用了。我对这个操作符还是很满意的，主要是傻瓜化，然后它可以解决一大票关联数据做注释的事情。后面一个相关的是facet_plot函数，这个关联的是图，使用的语法是facet_plot(p, panel, data, geom, mapping), 你有数据data，要用geom(mapping, data)来画一个图，我可以把这个图和树p关联起来，画在panel上，而geom(mapping, data)画出来的图，会自动按照树的拓扑结构重新排列。

在之前我跟实验室的小伙伴推荐ggplot2，大家觉得很牛逼，但没人想学。学生物出身的人，天生对命令行是抗拒的，但有了ggtree，很多人都愿意学了，因为用AI搞进化树真心水深火热！学ggtree也需要时间，但花的时间可以转化为生产力啊，越搞越顺手，越来越有能力做出逼格高的图，而且花费的时间越来越少。虽然和我同级的同学都是纯生物出身，但现在已经一个个可以做出很有逼格的图了，当然和作者在同一屋檐下也是很有关系的😜。

ggtree有很多好玩的东西，可以做出非常复杂的图，前阵子推送了我在人大做报告的幻灯片，后台有人问我第一张图中那些小动物的图是那里找来的？显然如果有看我之前的emojifont包，就会知道，这是ggtree+emojifont画出来的。那个幻灯片里面所有的进化树，都是ggtree画的。ggtree有很多的功能，其实大家还不清楚，尽管我写了很详细的文档，写了很多篇博客来介绍，但还是有些细节没讲到，也有些东西可能大家想不到应用场景，或者你有东西想要做，却不知道怎么来实现。我的邮箱里ggtree这个标签下面已经有344封邮件（其实起码要翻倍，因为同一主题的来来往往好多邮只会被当成1封，几乎每天都会有邮件），很多的问题其实反复被问到，所以我后来不直接在邮件里回复，而是要求大家去google group里问。google group其实是邮件列表，有个好处，就如同如何获取文献中说的RSS推送一般，如果用户订阅了，但凡有人提问，有人回答，你都可以收到邮件，这样子，用户可以参与帮忙解决问题，一个问题的解决，大家都可以看到，或者也有收益。别的用户有同样的问题，在网上还能搜到答案，多方收益，我也可以减少回答问题。有兴趣的同学，可以往[e-mail]发邮件订阅。

正好准备过年停止更新，等年后再来，又正好ggtree刚好出版，算是庆祝一下吧。不管你有任何关于ggtree的问题，你都可以在留言区里问我，大家可以分享这篇文章，让更多的人参与，因为别人可能会问出你想不到的问题，而我解答别人的问题，你或许也能学习受益。如果有人提的问题正好也是你关心的，请给他/她点赞，点赞多的问题，我会优先回答。这个过程持续到年后，我会在年后找个时间集中回答。

虽然现在引文不多，但我已经开始在收集论文里用ggtree画的图了，以后肯定会有越来越多有逼格的图出来，也算是一个侧面给大家展示ggtree可以做什么。

请记住一点，投入时间学习是有回报的，因为你的投入可以转化为生产力，而不像AI你搞再多，也只是机械式重复，并不能因为你用AI注释树而让你有能力去做美工-,-，但学ggtree，你会的不止是进化树的可视化，你同时必须还会用ggplot2来展示你其它的各种数据。套用如何获取文献中的梗，如果你还在用AI手工注释你的进化树，你该吞下红色药丸了。ggtree是你的朋友！